清光緒二十八年（西元1920），張百熙奏訂學堂章程，分大學為大學院、大學專門分科、大學預備科三部。大學院收分科大學畢業生，修業年限無定。重研究，不重講授，不立課程。
民國十六年，國民政府設大學院於南京，為統轄全國教育行政及學術研究的最高機關。十七年改稱為「教育部」。